Środki funduszu rehabilitacji są przeznaczane na finansowanie rehabilitacji zawodowej, społecznej i leczniczej, w tym na indywidualne programy rehabilitacji osób niepełnosprawnych opracowywane przez powołane przez pracodawców komisje rehabilitacyjne oraz ubezpieczenie osób niepełnosprawnych, zgodnie z zakładowym regulaminem wykorzystania tych środków.
Warunkiem wykorzystania funduszu rehabilitacji jest dokonywanie wydatków z tego funduszu w sposób celowy i oszczędny z uwzględnieniem optymalnego doboru metod i środków realizacji w stosunku do zakładanych efektów. (art. 4a rozporządzenia)
W przypadku niezgodnego z powyższym przeznaczenia środków funduszu rehabilitacji, pracodawca jest obowiązany do dokonania:
- zwrotu 100% kwoty tych środków na fundusz rehabilitacji oraz
- wpłaty w wysokości 30% tych środków na Fundusz w terminie do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym nastąpiło ujawnienie niezgodnego z ustawą przeznaczenia środków funduszu rehabilitacji, a także niedotrzymanie terminu przekazania środków na rachunek ZFRON, 7 dni od dnia, w którym środki te uzyskano (art. 33 ust. 3 pkt 3.)